Glavaš je jedan od osnivača HDZ-a i početkom devedesetih godina bio je ključna osoba u odbrani Osijeka u proteklom ratu, isprva formalno s pozicije sekretara Sekretarijata za narodnu obranu opštine Osijek.
Prvi hrvatski predsjednik Franjo Tuđman ga je u decembru 1991. imenovao za komandanta odbrane Osijeka, a par dana prije toga je dobio i čin bojnika. Inače, na kraju je dogurao i do čina generala bojnika HV i dobio niz odlikovanja države Hrvatske.
Tokom hrvatskog Domovinskog rata su snage pod Glavaševom komandom izvršile niz svirepih likvidacija osječkih civila srpske nacionalnosti koje su u hrvatskoj javnosti ostale zapamćene pod nazivima “Slučaj garaža” i “Slučaj selotejp”, podsjeća Index.
Iza tih prilično, kako se navodi, eufemističkih naziva kriju se stravične priče o tome kako su zarobljene civile tjerali da piju kiselinu iz akumulatora, kako su ih premlaćivali i mučili, kako su mnogi odvedeni u nepoznatom pravcu i zauvjek su nestali, kao i da je bila uobičajena praksa da se zarobljeni civili odvode na obalu Drave sa selotejpom preko usta, gdje su ih ubijali metkom u glavu, a onda njihova tijela bacali u rijeku.
O tome da su se ta ubistva, odnosno ratni zločini, događali nema nikakvog spora, čak ni sam Glavaš to ne poriče, iako poriče da je za sve to na bilo koji način odgovoran.
Jedan od retkih koji je preživio takvo odvođenje na obalu Drave bio je osječki električar Radoslav Ratković kojeg su krajem 1991. iz stana odvela trojica pripadnika Zbora narodne garde. Ratkovića su prvo premlaćivali na njemu nepoznatoj lokaciji, ispitujući ga “ko su četnici s kojima sarađuje”, iako nije sarađivao s četnicima.
“Jedan me tukao nogom, drugi pištoljem, treći me udarao iz voleja po prsima. Pao sam sa stolice, da bi me jedan od njih dočekao vojničkim čizmama… Digli su me, ponovo poseli, a onaj ‘pištoljdžija’, kojega tako zovem jer me tukao pištoljem, ponovno me je udario. Tukli su me i tukli, ne znam koliko. Kad valjda više nisu imali snage da me tuku – a ja više od tolikih batina nisam ni osećao bolove – izveli su me opet u onu prvu prostoriju gde mi je taj ‘šef’ oduzeo lične stvari”, ispričao je nakon rata Ratković novinaru Dragi Hedlu.
Nakon što su Ratkovića premlatili i de facto opljačkali, ljepljivom su mu trakom zavezali ruke na leđima i začepili usta i teško pretučenog iznli ga iz prostorije. Ugurali su ga u auto i krenuli prema Dravi. Tamo su mu ispalili metak s lijeve strane u glavu koji ga nije odmah ubio pa je pao u rijeku.
“Osjećao sam da se gušim, ali kako se dva-tri dana prije toga nisam brijao i kako mi je brada izrasla, ona ambalažna traka nije se dobro držala, opustila se s desne strane i ja sam nekako uspio, iako teško jer mi je jezik s donje strane bio povrijeđen, da izguram jezikom onu lopticu papira. Koljenima sam dohvatio dno rijeke i izašao glavom na površinu, zinuo i glasno uzeo vazduh”, pričao je.
Dodao je da mu je ”pištoljdžija” baterijskom lampom osvijetlio površinu vode.
“Kada je video da sam izvirio, još je jednom ispalio metak i pogodio me kroz otvorena usta, potpuno nevjerovatno, gotovo na istom mjestu kao i prvi put. Dva puta mi je pucao u glavu, ali me nije ubio. Bio sam svjestan da me čekaju, zaronio sam i mislio: moram se nekako držati obale”, svjedočio je kasnije Ratković koji je ipak uspio sve to preživi.
Index piše i da je jedna od Glavaševih žrtava čak i u notornom Slobodnom tjedniku pokojnog Marinka Božića proglašena teroristom, koji je trebalo da izvrši atentat na Glavaša, ali je spriječen u posljednjem trenutku.
Naime, Čedomir Vučković je bio satima mučen i premlaćivan u zgradi u kojoj je Glavaš imao svoj štab i da su ga čak naterali i da popije sumpornu kiselinu iz akumulatora koja mu je izjedala unutrašnje organe. Umirao je polako, u strašnoj boli, te je u jednom trenutku sakupio posljednje atome snage i uspio istrčati iz prostorije u kojoj su ga mučili, da bi bio upucan i konačno ubijen u dvorištu tadašnjeg Sekretarijata za narodnu obranu. Fotografija njegovog leša je završila na naslovnici Slobodnog tjednika na kojoj je proglašen teroristom, iako je bio nevini civil.
Prema svjedočenju kasnijeg krunskog svedoka protiv Glavaša 1991., tada 16-godišnjeg Krunoslava Fehira koji je bio pripadnik HOS-a, i sam Glavaš se, čuvši pucnjavu, pojavio u dvorištu nakon Vučkovićevog ubistva i da je naredio da se likvidira i drugi zarobljenik kojega su njegovi ljudi držali u istoj prostoriji i mučili.
O ubistvima civila u Osijeku su još devedesetih pisale novine, poput Feral Tribune, ali Glavaša to nije zaustavilo u njegovoj političkoj karijeri.
Nakon rata je imao neformalnu titulu “gubernatora Slavonije”, dok je formalno bio saborski zastupnik, pa glavni inspektor HV, pa osječko-baranjski župan, pa opet saborski zastupnik …
Glavaš je bio i jedan od ključnih ljudi u pobjedi Ive Sanadera u glasanju za predsjednika HDZ, a kasnije je objavio da je na tom saboru HDZ organizovao manipulisanje glasovima u Sanaderovu korist.
Index piše da treba spomenuti i kako je sve te godine bio bliski saradnik i prijatelj Vladimira Šeksa, s kojim je početkom devedesetih neko vrijeme bio jedan od najmoćnijih ljudi u Slavoniji.
Pravosudno raščišćavanje zločina nad civilima u Osijeku započelo je tek nakon što se Glavaš 2005. posvađao sa Sanaderom i osnovao regionalnu stranku HDS SB, što je Glavaš uvjek koristio kao argument da je žrtva političkog progona.
Glavaš je za ratne zločine prvostepenski konačno osuđen 8. maja 2009. na deset godina zatvora, ali je par dana pre presude pobegao u BiH. Poslije raznih pravnih peripetija konačno je kaznu, u međuvremenu smanjenu na osam godina, počeo da služi u zatvoru u BiH, gde je proveo nekoliko godina.
Branimir Glavaš je bio osuđeni ratni zločinac sve dok Ustavni sud pod vodstvom Jasne Omejec nije u januaru 2015. donio presudu kojom se poništava drugostepena pravosnažna presuda i naložio Vrhovnom sudu a ponovno razmatra njegove žalbe.
Hrvatima iz Slavonije nije bio problem da ga uprkos bijegu od pravosuđa i nekad pravosnažnoj presudi za ratne zločine opet izaberu kao zastupnika u sabor nakon što se vratio iz BiH.
Sada mu se opet sudi za ratne zločine.
TANJUG