Lihtštajner je za reprezentaciju Švajcarske igrao 108 utakmica i treći je na listi po broju nastupa, iza Hanca Hermana i Alana Gajgera.
Tokom karijere je osvojio 17 trofeja, od čega 14 sa Juventusom, čiji je bio igrač od 2011. do 2018. godine.
Pre Juventusa je igrao za Grashopers, Lil i Lacio, a posle za Arsenal i Augsburg.
Ostaće upamćen i po provociranju igrajući za Švajcarsku na utakmici protiv Srbije na Svetskom prvenstvu u Rusiji 2018. godine.
Lihtštajner je tada rukama oponašao “orla” zajedno sa saigračima albanskog porekla Džerdanom Šaćirijem i Granitom Džakom.
Džaka i Šaćiri su kažnjeni sa po 10.000 švajcarskih franaka, odnosno oko 8.650 evra, dok je Stefan Lihtštajner, kapiten Švajcarske zbog istog prestupa kažnjen upola manjom sumom novca.
