Izgubio je bitku sa leukemijom i preminuo 16. decembra u svojoj 54. godini.
Među prijateljima koji su mu nosili kovčeg na sahrani u Rimu bio je i Dejan Stanković koji se tek desetak dana kasnije oglasio tim povodom.
“Sinišina smrt me je lišila svih reči. U sebi osećam ogromnu prazninu koju nikada ranije nisam upoznao. Još sam mlad i na sreću još uvek imam sve svoje voljene. Sve što sam imao je nestalo sa njim. Ostalo mi je sećanje i veliki ponos što sam bio deo njegovog života“, rekao je Stanković.
Mihajlović i Stanković su bili saigrači u Laciju i Interu, a Dejan je Sinišu uvek smatrao za oca i to više puta isticao prethodnih godina.