Na čelu Rimokatoličke crkve nalazio se od 2005. do 2013. godine.
On sam nije želeo da postane papa i nije mu bilo lako da nasledi harizmatičnog Poljaka Karola Vojtile, Jovana Pavla Drugog. U tom periodu, Rimokatolička crkva je doživela jednu od svojih najozbiljnijih kriza: od 2010. sve je više izveštaja o dobro skrivanom seksualnom zlostavljanju dece u verskom okruženju.
Benedikt XVI je 11. februara 2013. godine neočekivano saopštio da napušta funkciju pape i biskupa Rima. Od 1294. godine nijedan papa se nije povlačio u mirovinu, vec´ je na tom mestu ostajao do smrti. Svoju odluku je objasnio da je previše star i iscrpljen da bi obavljao ovu važnu funkciju.