Slobodan Milošević je priminuo 11. marta 2006. godine od infarkta, a po želji porodice, kada je odbijen zahtev da bude sahranjen u Beogradu uz državne počasti, sahranjen je u dvorištu porodične kuće u Požarevcu.
Milošević je Haškom tibunalu izručen 28. juna 2001. godine, gde mu je suđeno za ratne zločine na Kosovu i Metohiji, u Hrvatskoj i Bosni i Hercegovini.
Proces koji je počeo 12. februara 2002. godine, tokom kojega se branio sam, prekidan je više od 15 puta, zbog njegovog zdravstvenog stanja, a obustavljen je nekoliko dana nakon njegove smrti.
Miloševićeva vladavina trajala je nešto duže od 10 godina, a počela je govorom na Gazimestanu na Vidovdan – 28. juna 1989. godine, povodom obeležavanja 600 godina Kosovske bitke, kojem je prisustvovalo, kako se tada navodilo, milion ljudi.
Na prvim višestranačkim predsedničkim izborima u Srbiji, u decembru 1990. godine, kao kandidat SPS-a dobio je 65,34 odsto glasova i postao prvi predsednik Republike Srbije. U Saveznoj skupštini 25. jula 1997. godine bio je izabran za predsednika SR Jugoslavije.
Njegova vladavina okončana je 2000. godine na izborima na kojima ga je u trci za predsednika SR Jugoslavije porazio kandidat Demokratske opozicije Srbije Vojislav Koštunica. Tada nije želeo da prizna poraz, što je dovelo do masovnih protesta širom Srbije, završenih 5. oktobra velikim skupom ispred Skupštine SRJ.
Milošević je uhapšen je 1. aprila 2001. godine, a Hagu ga je na Vidovdan izručila vlada Zorana Đinđića, premijera koji je ubijen 2003. godine. Bio je inicijator promene ustavnog položaja autonomnih pokrajina unutar Srbije i jedan od potpisnika Dejtonskog sporazuma, kojim je posle pet godina zvanično završen rat na prostorima bivše Jugoslavije.
Povezivan je sa ubistvom nekadašnjeg predsednika Predsedništva Srbije Ivana Stambolića i četvorostrukim ubistvom na Ibarskoj magistrali, ali i sa direktnim ili indirektnim uticajem na dešavanja na svim ratištima u bivšoj Jugoslaviji, naročito sa događajima u Srebrenici i Vukovaru.
Bivša portparolka tužilaštva u Hagu Florens Artman tvrdila je deceniju kasnije da se bivši predsednik SRJ i Srbije Slobodan Milošević sam trovao lekom “rifampicin” s ciljem da pogorša sebi stanje da bi bio pušten da se brani sa slobode, a onda bi, kako se nagađalo, pobegao za Rusiju, gde su bili i članovi njegove najuže porodice.
Slobodan Milošević je autor knjige Godine raspleta, prevedene na nekoliko stranih jezika.
